LNCipedia

Transcript: FOXP4-AS1:11

Basic information

LNCipedia transcript ID: FOXP4-AS1:11
LNCipedia gene ID: FOXP4-AS1
Location (hg38): chr6:41515482-41546207
Strand: -
Class: bidirectional
Sequence Ontology term:
Transcript size: 30431 bp
Exons: 2
Sources: FANTOM CAT (stringent)
Alternative transcript names: ENSG00000234753.1|ENCT00000385118.1
Alternative gene names:

RNA sequence:
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CCCTGCCCATCCCAGGCCTCAGTAACTGCTTCAGTATAATGACAACATTGGACGTTATTTACTGACCACAGGACTATGCTTCAGCACCTACCCTAAGGTATTTTATTCAATCCTCCAGGCTTTTGCCCTGGCTGAGGGTTCTGCCTGAGCTTCTCTCCCCTCAGATACCTGCATCTCCTTGAAGGACCACCTTCTCTGGGAGGTCCAACCTAACCATCCTTTCCCAGGTCTTTGTACCCGCTTTATTTCTTTCTATAGCTCATGTCACCTTCCGAAGAGTATTTAATTTACTGATTATTGTGCTCATTGCCTATCTTCCTCCTCTTTAAGTTCCAAAAGGACAGAGGCTGTATTTTGTTTACTGTTGCATCCCAAGCACCTAGAACAGTGCCTGACATACGGTAGGTGTACAAGCGATATCTGTCAAATGACAGGAGGAAAACTCAAAACCCTTTGAGGCAGGTGTGTTGTTTTCACAGCAGAGAGGAACTAGGGCTCTAGTTCTGGGTTAGGTGGCTTGTCCAAGGTCACAGAGCTGGCCATACCCAGCTGTGTATTGGGCTGCTGAGTATGAGGCTGTTTGGGGTGGGCCTTGAGCCTGAGCCTGTTCTGAGCTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTGGTGGCTTCCTAGGGGATTTCTGCCTGCATTCCAACCAGCAGGTCCTTCCAGGCACCCCTCCCCTCCTTTACAGGGCTTCTTCCCTTCCTGCAGCTCCTTTCAGCCCCTGCTTTCTTGCCCCAAGCCTGGAGAGGCCTGTGAGTGCAGTCCAGCTAACTTCCCTCCCCTGAGCTCATGGGTCCCTGCCTGGGCTGAAGTCCACACCGGGAGCCCAAGGTGCCCCTGGAAGGCCCCCACCCTGGCCTCCGAGTGGTTCCTCTCCCCAGAGATGTAAATCCGGGCCCCAGAGTGGCCACACAGAACATACATCTTAAACAAACACTTCTCCTTGCTGTTTATCTCCCTGGCCTTTAAACAAACTCTTTCAAAGGTTTCTGCTGATAGGAGAGATTTACTGAAAACCATTCCTTGCTTAAAAGCCCTGGGTTTATGCTGCTGGGGTGGGGGCAGTGGGGCCTTCAGGCCTGGGGTTTCTCTGCCTCCGGACCACATGTTTATCCTCCAGGCCTTGATAGAGGAGCAACACAGACTAATCTTTATGGAAAAGAAAATAATAAAAGCAGGAAAGGGGAGGGGTGGAGGCTGGGGTGCGTTTGGTTCTTGTCACTGACTCCAAGAGGTTGTGGCAGGTCCGGGTGTGGCAGTGCCCACCACACTGTAGCCCTGCCTGTTGGGGGTGGGGTGAGCTGAGCATCTGGGAGGGGTGGGGCTCCCTTGAACTTTGGACAGAAGGCCTTTGGGCAGGTGAGCCTCTTCTCCGGCTTCCAGAGGCCAGAGTGGGCCTCTCCCTGCTGGATGGGGGTTGGAGGGAGGGCAGCAGTCACATGATCATGTCTATTCCTGCATCAACCAACAGTCAGAAGGCACCTAGCCTGTGCCAGGACCTGGGGGTGGAGAGAGGAATAGTTGTTAACAATTACTTTAGCATTTCTGTGGGCCTGGTACTGTTCTAAATCGCTTACATGAATCAACTCATTTAATGGCCCCAGTAGATTCTATAATTATCCCAATTTTGCATATGGGGAAACCAAGTCACAGAAAGATTACTGGCTGTACTCCAGAGGTTTTGGTTTAACTGGGATGCAGGCTGGGCATTGGATTCCAGGATGCATCCCAAGTGGAAAAAGATTGACATTCCCATTTCCCACCCACTCCCCACTTGTCCTTCCAATAATACAGTATCTCTTCCATTTCAAGGCGTCTCACAATTCATTGACAGTGGTATTTTTTTCTTAGTGGATCGTAAAATAATGGTGCATCTTACAGTCTTAGGTTCAACAAAATATAGTAATAGAAAACTAACCTCTACCAACTGTGGGGACTGAGCTGGATGATTTGCATCCATTATCTCATTTAATCCACCTCCCAAAGCTGCAACATAGGTCACAGGAGCACCTCTGATGAGAAAACTGAGGCACCAAGAATTCAATAACCTGCCCAAGATCACCCAGCTGGTGGGAGGTGGAGGCAGGATTTGAACCCACAGTTAAATGGCCTAATATTTATCCCCAACCCTTATAGAGCACCTTATATGATTCAAACTGTCTTCCGACCTGTTTTGTCCATTGAGGAAGACGCTGAAATCCAGAAAGTTTAAGTGACCTGCTCTAAGTTACACATCTGACTTCTCAACCTATAACTGTGGGAGAACCATGGGAAGTGGGTTTCGTTGTTATTATTGTTGTTTGCTTGTCTTAAGCCTACCTGGGCTTTTATAGCTAGAAGCCACTCCTAAGAGAACATGACCAGGAAAGTGGGCCAGGGCCAGGGCAGGGGCCCCTGAGAGTATGGGCCATCCTGGGGTCTTGGGTGCTGAAGGTTGGAGCCAAGGCCTGTCGTGGGACCTCCCAAGGGCAGAGGACTTGAGCAGGGGCAGATGTCATTGCAAAGACTCCACTGACTTCCGTCTCTGTTTTGTTTGTGAAGCGAAGTTGCTGCAGTGGCAGGTGGGGAGGCAGCAGAAGGCCAGGTAGGAATTTCCAGTCCTTCCCTGGGCCCATAGCTCAGGCCGGAAGCCACTCCCTTCCTCCATGTTTACATGCAGCGGGCCACACCCCTTCAGATGGCACAGACTGACACCCCCTTCCGGTCCCCCTGCTCCAGGCCAAATACTTTTTCACTCACGTTAAAGCACCTTTCAGCACCTGGGCCCTGAGCTGGGGAGCATTTCCAGGGAGGAAAGAAGGGAGAGGGTATGAGGAGGAGGCTGGGGGTGGGTTGAGGGAAGGTGAGGAGCTGGGGGTAGTGGAGACTAGGATGAAGTTATGTGAGTGATTGTCTTGCACCCATCATCTTTCTTTTTGTATTATTCTTTCCTTATATAGTGACATCCAGTTTCCAAAACCTTTCCTTCCTCCTAGCAACTCTTACCCTAAGATACTTAATTCACACCAAGGTAAACACGACTAATAACAGCTTCCAAAGTGATCCTTTCAAGGGCATTTTGGCAGTGGCCTCTTTATTTGTTCATTCATTCTTTGATTTCCTCAACAATTTCCTTTGGCATTCCTGGAGACCCTCCATCCTATCTCGAAGGCTTAGCTGGGACACCTCTAAGCTGTTTGGTGGGCTGCTGTCCAAACTCTGGGCTTTGTGGGTAGTGGCATCCACACCCTCTGACAGCATGTAGGTATATTGGCAGCAACCCAAGCTGTCTTTTTTGCACCTTCAATGGAAGGAAAGGCAATTTCTCCTCATGAAAAAAGTTTGGGAGACTTTACCTAAATGTAAAGGGAGGTGCTTTAATGATATATCTCCAGGAATCAAACCCATCAGTCCATCTGAGTTTGGTCATGGGCTGAGCTCCCCAGGGCAGCTGGGCAGGAGCCCTTCCAGGACATCAGAACTTGGGGTAGAATTTCCACCCCACTGGCCCTCAGGGCTCTGCATAGATTTCTCTCTCTGTCCTTCTTGGTAGGGAAGTGGCTGATCATGAGGAAGACCCTGAGCTCAGAGCTGGAAGATATCCAGGGACCCATCCACCCAGTAGTTTGCAGAGGACAAAATGACTCAAAAGTATACCGAAATCCAAAATATAAAACAGCTAAGAGTTAAAGCTCCAGTTGAAGGCAAAGGTCTAGACCCTGCCTCCTCTGCTCTCCCACTTGGCCCATAAGTGGTCCAAAGCTTCTCTGTGGACCTCCAAAGCTCAGGAGAACACGAATAGAATCCACTGAGCCAGTCTAGTGATCCATTTTATAGACAAAGAAACTGAGTCAGAGCATGATGGGATGGATGTGAGTCCTTAGGGGCCTCCACCCTTCCATGATCACTTCTGGCTCATGTTCATTCCCTGGACTCATAATGTACCCTTCTTTCTAACTTGACCTGCACAATTCTACGGACTCTTCAGGCTCAGCTCAAATGTCACCCTCCACCATGGAGCGTTCCTCAATTCTCTCCTCCAGTTCTGGCCCTACTCCCACCCAGTTCGGTGTTCCTGGAGCTCACTGCTTTTGCATCTCTCTTAAGTTCAACCTCTCATTTCTGCCCATTTGAAGCAGCTCTTTTCTCCCTTGTCAGGCTGTTGGTCTCCTTGAGGTCAGGAGGTTTTTAAAAAATCCCAAGCCTCCAGCCCATGAGTAGGTGTGCAATCACAGTGAGGCTGCTGACATGTTTTCTTGGGTGATGGTGAGATGCTTTGCCCACTGGGGTCAGGGTCTCCCTACTGGACGGCCCTAGTTCTCATCAATTTGGTGGGGAGGGCATAGAGTTTGATTAAACAGTTACTTGGATACCTGAAGTAGGGCAGGGAAGGGGATACAGAACCTTCAGAGCCTGGGGAGGAGGGACCCTTCTGCTCTAAATTGTCCACTCGCTCCATCCTCAAGAAGATGGAGAGCAGAAACAGGGGCAGGGGAAGAGAGCTGGGCCCCGCACACTTCCCACCATCACTGATTTCCCTCTTCTCTGGCATTTTAAGAGCTCAGACTCAAACCCTTCAAGGGCTTTTGAAACAATTAGATTTGAAAGTGCCCAGTGCTTGGTCTAATTGCTTAAAAGCCACTTCAGGCTTCAACTGACCCAGAGTAAAGCCTGGGGGGTGGGTAGAGGGGAGGGGAGACCCGAGACACTCTGTCGCCCTGTTTCCCAGGCCTTCCTGGACAACCAAGGCCTAGGTGAGTGGTGATGCCAAATAAGGGCCTTCAACTTTTCCCGGGGGGGCAGAGCCACCATACTCTTCCTGCCCCTTTCCCAGCCCTTGCCCCCAGGGAACCGCTCACATCTAACCTTTCTCTAAGATACCTTCTCACGCAAATTCCAGCATTCCTAGGGGTGATTGGAGCACTTATGTCCAGAACCAATTTTCAGTGTCAAAAAGTGGACTGAGCCAGTGTAAAGAGGCCGAGAAGTATCAGGAGACAAGCCTTGGTGTGTCCAACTCAAGATGATGCTTTGCTTCTGGGATATTCTGAGATTGGGGATTTTGCAATCTCTAAGTCAGTTCCATCTCTCCATGCTTTCGTGATTACTCTTCTCCCAAGTTCTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGAGTCTTGCTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCGATCTCGGCTCACTGCAAGCTCCGCCTCCCAGGTTCACACCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCACCCGCCACCAGGCCCAGCTAATTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTTGTGATCTGCCCGTCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACCGCA

Structure:

Protein coding potential

Metric	Raw result	Interpretation
PRIDE reprocessing 2.0	0	non-coding
Lee translation initiation sites		non-coding
PhyloCSF score	13.6393	non-coding
CPAT coding probability	8.58%	non-coding
Bazzini small ORFs	0	non-coding

In stringent set: yes

Locus conservation

Locus conservation?
FOXP4-AS1:11	no	no	no	no

Available literature

Li (2017), Long non-coding RNA FOXP4-AS1 is an unfavourable prognostic factor and regulates proliferation and apoptosis in colorectal cancer., Cell Prolif.

LNCipedia transcript ID history

LNCipedia version	LNCipedia transcript ID
4.1	FOXP4-AS1:11
5.0	FOXP4-AS1:11
5.1	FOXP4-AS1:11
5.2	FOXP4-AS1:11